1、進倉報關
保稅倉庫貨物進境入倉時，除國家另有規(guī)定外，免領進口許可證件。
(1)如果倉庫主管海關與進境口岸不是同一直屬海關的，按轉關方式來辦理，可以按“提前報關轉關方式”申報，也可以按“直轉轉關方式”申報。
(2)如果倉庫主管海關與進境口岸是同一直屬海關的，經批準，可以不按轉關運輸方式辦理，由經營企業(yè)直接在口岸海關辦理報關手續(xù)，口岸海關放行后，企業(yè)自行提取貨物入倉。
2、出倉報關
保稅倉庫貨物出倉可能出現進口報關(進入國內市場)和出口報關(復運出口)。
(1)出口報關：保稅倉庫出倉復運出境貨物，應當按轉關運輸方式辦理出倉手續(xù)。是同一直屬海關的，經批準，可以不按轉關運輸方式辦理。
(2)進口報關
轉為正式進口的同一批貨物，要填制兩張報關單，一張辦結出倉報關手續(xù)，填制出口貨物報關單。另一張辦理進口申報手續(xù)，按照實際進口監(jiān)管方式，填制進口貨物報關單。進口手續(xù)大體分為：
?、俦６悅}庫貨物出倉用于加工貿易的，由加工貿易企業(yè)或其代理人按保稅加工貨物的報關程序辦理進口報關手續(xù)。
?、诒６悅}庫貨物出倉作為特定減免稅貨物的，由享受特定減免稅的企業(yè)按特定減免稅貨物的報關程序辦理進口報關手續(xù)。
③保稅倉庫貨物出倉進入國內市場，按一般進口貨物的報關程序辦理進口報關手續(xù)。
?、鼙６悅}庫內的寄售維修零配件申請以保修期內免費出倉的，由保稅倉庫經營企業(yè)辦理進口報關手續(xù)，填制進口報關單，貿易方式欄填“無代價抵償貨物”，并確認免稅出倉的維修件在保修期內不超過原設備進口之日起3年。
(3)集中報關：保稅貨物出庫批量少批次頻繁，經海關批準可以辦理定期集中報關手續(xù)。
3、流轉報關
(1)保稅倉庫與特殊監(jiān)管區(qū)域之間往來流轉的貨物，按轉關運輸的有關規(guī)定辦理，保稅倉庫與特殊監(jiān)管區(qū)域屬于同事直屬關區(qū)內的，可不按轉關運輸辦理。
(2)保稅倉庫貨物轉往其他保稅倉庫的，應當各自在倉庫主管海關報關，報關時先辦理進口報關，再辦理出口報關。
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