保稅倉作為跨境電商零售進口業(yè)務中重要的一環(huán)，由于保稅倉的特殊性，受到海關的監(jiān)管，根據海關對保稅倉庫及所存貨物的管理規(guī)定（海關總署令第105號）經署令第235號修訂，規(guī)范的保稅倉庫貨物管理辦法。
海關對保稅倉庫的管理
1、保稅倉庫不得轉租、轉借給他人經營，不得下設分庫。
2、海關對保稅倉庫實施計算機聯網管理，并可以隨時派員進入保稅倉庫檢查貨物的收、付、存情況及有關賬冊。海關認為必要時，可以會同保稅倉庫經營企業(yè)雙方共同對保稅倉庫加鎖或者直接派員駐庫監(jiān)管，保稅倉庫經營企業(yè)應當為海關提供辦公場所和必要的辦公條件。
3、保稅倉庫經營企業(yè)負責人和保稅倉庫管理人員應當熟悉海關有關法律法規(guī)，遵守海關監(jiān)管規(guī)定。
4、保稅倉庫經營企業(yè)應當如實填寫有關單證、倉庫賬冊，真實記錄并全面反映其業(yè)務活動和財務狀況，編制倉庫月度收、付、存情況表，并定期報送主管海關。
5、保稅倉庫經營企業(yè)名稱、主體類型以及保稅倉庫名稱等事項發(fā)生變化的，保稅倉庫經營企業(yè)應當自上述事項變化之日起30日內，向主管海關辦理變更手續(xù)。
6、保稅倉庫變更地址、倉儲面積（容積）等事項的，保稅倉庫經營企業(yè)應當提前向主管海關提出變更申請，并辦理變更手續(xù)。
7、保稅倉庫變更倉庫類型的，按照本規(guī)定第二章保稅倉庫的設立的有關規(guī)定辦理。海關應當注銷變更前的注冊登記，收回原《保稅倉庫注冊登記證書》。
8、保稅倉庫終止保稅倉儲業(yè)務的，由保稅倉庫經營企業(yè)提出書面申請，經主管海關受理報直屬海關審批后，交回《保稅倉庫注冊登記證書》，并辦理注銷手續(xù)。
保稅倉庫所存貨物的管理
保稅倉儲貨物入庫時，收發(fā)貨人或其代理人憑有關單證向海關辦理貨物報關入庫手續(xù)，海關對報關入庫貨物的品種、數量、金額進行審核，并對入庫貨物進行核注登記。
1、保稅倉儲貨物可以進行包裝、分級分類、加刷嘜碼、分拆、拼裝等簡單加工，不得進行實質性加工。
保稅倉儲貨物，未經海關批準，不得擅自出售、轉讓、抵押、質押、留置、移作他用或者進行其他處置。
2、下列保稅倉儲貨物出庫時依法免征關稅和進口環(huán)節(jié)代征稅：
（1）用于在保修期限內免費維修有關外國產品并符合無代價抵償貨物有關規(guī)定的零部件；
（2）用于國際航行船舶和航空器的油料、物料；
（3）國家規(guī)定免稅的其他貨物。
3、保稅倉儲貨物存儲期限為1年。確有正當理由的，經海關同意可予以延期；除特殊情況外，延期不得超過1年。
4、下列情形的保稅倉儲貨物，經海關批準可以辦理相關海關手續(xù)：
（1）運往境外的；
（2）運往境內海關特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所繼續(xù)實施保稅監(jiān)管的；
（3）轉為加工貿易進口的；
（4）轉入國內市場銷售的；
（5）海關規(guī)定的其他情形。
保稅倉儲貨物已經辦結海關手續(xù)的，收發(fā)貨人應當在海關規(guī)定時限內提離保稅倉庫。特殊情況下，經海關同意可以延期提離。
5、保稅倉儲貨物出庫運往境內其他地方的，收發(fā)貨人或其代理人應當填寫進口報關單，并隨附出庫單據等相關單證向海關申報，保稅倉庫向海關辦理出庫手續(xù)并憑海關簽印放行的報關單發(fā)運貨物。
出庫保稅倉儲貨物批量少、批次頻繁的，經海關批準可以辦理集中報關手續(xù)。
6、保稅倉儲貨物出庫復運往境外的，發(fā)貨人或其代理人應當填寫出口報關單，并隨附出庫單據等相關單證向海關申報，保稅倉庫向海關辦理出庫手續(xù)并憑海關簽印放行的報關單發(fā)運貨物。
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